细胞鉴定与数据库分型一致，但数据库之间不一致怎么办？
点击量：发布时间：2020-06-12 17:47:00文章来源：美德华生
生物制药与细胞治疗行业蓬勃发展，“细胞”不再仅是生产工具，更摇身一变成为了药物。对于细胞的正确使用以及污染防控，也成为行业中重要且不可或缺的基础工作。美德华生为客户提供快速、准确、客观的细胞鉴定工作，通过案例，扎实分享我们在细胞鉴定服务工作中遇到的一些疑难问题，也帮助大家更理解自己手中的鉴定报告：人源细胞鉴定细胞与数据库分型一致，但数据库之间不一致怎么办?
疑案一：到底是不是RKO？
问题描述：客户委托的一株标记为“RKO”的细胞，检出分型和购买时鉴定书的分型基本一致，但和ATCC中RKO细胞(CRL-2577)的匹配度仅为79%(匹配峰个数/数据库中所有峰个数=15/19)，按ATCC给出的细胞鉴定标准，当56%≤匹配度<80%时需要进一步厘清。
由左至右分别为样本检出分型、ATCC数据库和DSMZ数据库比对结果中匹配度最高的细胞，红字表示不匹配的分型
鉴定结论：
1、在各基因座没有出现三等位现象，可以判定该株细胞不存在人类细胞交叉污染。
2、与ATCC中 RKO(CRL-2577)细胞匹配度79%。
3、在DSMZ中有与其100%匹配的细胞p53Rp [JHU-56](CRL-2781)。
讨论：既然这个细胞不存在交叉污染，且分型与RKO相近，那么的确很有可能是源自于RKO。
我们到ATCC网站进一步用细胞编号“CRL-2577”查询RKO细胞说明书(specification)，发现其vWA基因座的分型稍有不同，为15，16，17，22（查询ExPASy也为22）。如此一来，检测样本的STR分型就完全被包含在ATCC RKO细胞分型中。
其次，在DSMZ中比中最高的p53R(CRL-2781)是什么细胞呢？经ATCC网站查询，发现CRL-2781这个编号细胞已经“被下架”不复存在了。ExPASy网站显示，p53R细胞来源于RKO（下图）。而DSMZ比中次高匹配的是RKO(CRL-2577)，匹配度EV=0.92(34/37)。
至此，我们可以给出的鉴定结论为：“进一步厘清后，分型结果包含在 ATCC No. CRL-2577，RKO Colon CarcinomaHuman 中。在 DSMZ 数据库中与 Cell No. CRL-2577 , RKO 细胞系匹配度(EV)为 0.92。认为测试样本来源于RKO细胞。”
疑案二：是细胞污染还是细胞特性？
问题描述：客户委托的一株标记为“803”的细胞，检出分型和国家细胞库协和细胞资源中心公布的“人胃癌细胞MGC-803”分型完全一致，但出现3个3等位基因座（下图高亮标识），并且在ATCC和DSMZ数据库匹配到的细胞并非MGC-803，而是AV-3和HeLa.P3 ，匹配度分别为86%和0.72(EV)。那么，问题来了，这株细胞究竟能不能判定为人胃癌细胞MGC-803呢？
由左至右分别为样本检出分型、NSTI、ATCC数据库和DSMZ数据库比对结果中匹配度最高的细胞，红字表示不匹配的分型，黄色标示检出的三等位基因座
鉴定结论：
1、在3个基因座出现三等位现象，认为该细胞株为人类细胞的混合物，存在人类细胞交叉污染。
2、与ATCC中 AV-3(CCL-21)细胞匹配度86%。
3、在DSMZ中没有与其100%匹配的细胞。
4、在NSTI国家实验细胞资源共享服务平台中有与其100%匹配的细胞“MGC-803”。
讨论：由于在ATCC和DSMZ中都没有收录MGC-803细胞，所以首要工作就是先去了解MGC-803细胞。在NIST上介绍该细胞“1980年建系，人胃癌低分化黏液腺癌组织小块用RPMI-1640培养液培养4天细胞开始生长”。通过学术搜索，发现该细胞主要由华人广泛应用于胃癌尤其耐药性研究，国内文章提及来源的是1984年发表在《生理科学》的一篇胃癌抗原研究，描述“MGC 803系山东师范学院生物系由一低分化胃癌患者手术标本建立的胃癌细胞系”。至此，我们几乎可以下结论，该细胞株属于国人自建。
然而，问题还没有得到充分解决。虽然MGC-803是国人自建，在国外数据库没有可以理解，但是3个三等位基因座究竟是污染还是该细胞特征呢？
我们接着查看在ATCC和DSMZ与该细胞高度匹配的细胞“AV-3”和“Chang Liver”（注：编写文章时，HeLa.P3已经查无资料，DSMZ匹配度次高的细胞为 Chang Liver）,发现这两株细胞都被标注为 HeLa 污染。在 ExPASy 数据库中也明确提示了MGC-803细胞可能存在 HeLa 污染呢。至此，我们可以确定，提交给客户的结论不变：不能排除有其他人源细胞污染的可能性。
从上面的数据分析比较看似简单、实验数据也很明确的细胞鉴定工作中存在着的许多可以探讨、斟酌的细节。这两个案例同样都是与购买的数据库分型一致，显示细胞在实验人员手上并没有发生污染或变异，但是鉴定结论却一个支持为该细胞，一个认为有污染。
疑案一：到底是不是RKO？
问题描述：客户委托的一株标记为“RKO”的细胞，检出分型和购买时鉴定书的分型基本一致，但和ATCC中RKO细胞(CRL-2577)的匹配度仅为79%(匹配峰个数/数据库中所有峰个数=15/19)，按ATCC给出的细胞鉴定标准，当56%≤匹配度<80%时需要进一步厘清。
由左至右分别为样本检出分型、ATCC数据库和DSMZ数据库比对结果中匹配度最高的细胞，红字表示不匹配的分型
鉴定结论：
1、在各基因座没有出现三等位现象，可以判定该株细胞不存在人类细胞交叉污染。
2、与ATCC中 RKO(CRL-2577)细胞匹配度79%。
3、在DSMZ中有与其100%匹配的细胞p53Rp [JHU-56](CRL-2781)。
讨论：既然这个细胞不存在交叉污染，且分型与RKO相近，那么的确很有可能是源自于RKO。
我们到ATCC网站进一步用细胞编号“CRL-2577”查询RKO细胞说明书(specification)，发现其vWA基因座的分型稍有不同，为15，16，17，22（查询ExPASy也为22）。如此一来，检测样本的STR分型就完全被包含在ATCC RKO细胞分型中。
其次，在DSMZ中比中最高的p53R(CRL-2781)是什么细胞呢？经ATCC网站查询，发现CRL-2781这个编号细胞已经“被下架”不复存在了。ExPASy网站显示，p53R细胞来源于RKO（下图）。而DSMZ比中次高匹配的是RKO(CRL-2577)，匹配度EV=0.92(34/37)。
至此，我们可以给出的鉴定结论为：“进一步厘清后，分型结果包含在 ATCC No. CRL-2577，RKO Colon CarcinomaHuman 中。在 DSMZ 数据库中与 Cell No. CRL-2577 , RKO 细胞系匹配度(EV)为 0.92。认为测试样本来源于RKO细胞。”
疑案二：是细胞污染还是细胞特性？
问题描述：客户委托的一株标记为“803”的细胞，检出分型和国家细胞库协和细胞资源中心公布的“人胃癌细胞MGC-803”分型完全一致，但出现3个3等位基因座（下图高亮标识），并且在ATCC和DSMZ数据库匹配到的细胞并非MGC-803，而是AV-3和HeLa.P3 ，匹配度分别为86%和0.72(EV)。那么，问题来了，这株细胞究竟能不能判定为人胃癌细胞MGC-803呢？
由左至右分别为样本检出分型、NSTI、ATCC数据库和DSMZ数据库比对结果中匹配度最高的细胞，红字表示不匹配的分型，黄色标示检出的三等位基因座
鉴定结论：
1、在3个基因座出现三等位现象，认为该细胞株为人类细胞的混合物，存在人类细胞交叉污染。
2、与ATCC中 AV-3(CCL-21)细胞匹配度86%。
3、在DSMZ中没有与其100%匹配的细胞。
4、在NSTI国家实验细胞资源共享服务平台中有与其100%匹配的细胞“MGC-803”。
讨论：由于在ATCC和DSMZ中都没有收录MGC-803细胞，所以首要工作就是先去了解MGC-803细胞。在NIST上介绍该细胞“1980年建系，人胃癌低分化黏液腺癌组织小块用RPMI-1640培养液培养4天细胞开始生长”。通过学术搜索，发现该细胞主要由华人广泛应用于胃癌尤其耐药性研究，国内文章提及来源的是1984年发表在《生理科学》的一篇胃癌抗原研究，描述“MGC 803系山东师范学院生物系由一低分化胃癌患者手术标本建立的胃癌细胞系”。至此，我们几乎可以下结论，该细胞株属于国人自建。
然而，问题还没有得到充分解决。虽然MGC-803是国人自建，在国外数据库没有可以理解，但是3个三等位基因座究竟是污染还是该细胞特征呢？
我们接着查看在ATCC和DSMZ与该细胞高度匹配的细胞“AV-3”和“Chang Liver”（注：编写文章时，HeLa.P3已经查无资料，DSMZ匹配度次高的细胞为 Chang Liver）,发现这两株细胞都被标注为 HeLa 污染。在 ExPASy 数据库中也明确提示了MGC-803细胞可能存在 HeLa 污染呢。至此，我们可以确定，提交给客户的结论不变：不能排除有其他人源细胞污染的可能性。
从上面的数据分析比较看似简单、实验数据也很明确的细胞鉴定工作中存在着的许多可以探讨、斟酌的细节。这两个案例同样都是与购买的数据库分型一致，显示细胞在实验人员手上并没有发生污染或变异，但是鉴定结论却一个支持为该细胞，一个认为有污染。
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