浅谈细胞STR鉴定的意义
点击量:发布时间:2019-12-01 15:14:25文章来源:未知
一、 STR检测介绍
STR是短串联重复序列,也叫微卫星序列。是由2-6个碱基n次重复形成的具有高度多态性的序列。广泛应用于法医领域的身份识别和亲权鉴定、遗传病的辅助诊断。
ICLAC(国际细胞鉴定委员会)于2012年成立,推荐STR检测用于人源细胞系的身份鉴定,并制定了相应的标准: Standardization of STR Profiling (ASN-0002-2011)。该委员会的成立,目的就是推动医学研究领域对细胞系的错误识别和交叉污染问题的深刻认识,并将细胞系的身份认证作为有效的方法来减少和防止细胞系的错误识别,交叉污染。
二、 细胞STR检测身份认证的背景
2.1 ICLAC统计并发布了截止2018.10.14日细胞错误识别的信息目录,共计529株细胞,其中486株细胞,已无法找到真实的原始样本;43株细胞原先被发现是错误识别的,现已经找到了原始的真实样本;60株细胞与原供体不一致,但污染物未知;54株细胞种属来源不一致;有149个污染物,最常见的是Hela,其次是T-24,M14。
(ICLAC已公布的细胞污染列表可联系hgene@126.com索取)
2.2 关于细胞系错误认证的参考文献
三、细胞STR鉴定的意义
3.1 为科研界的细胞验明正身,避免因"张冠李戴”而不自知造成的损失。
在所有医学研究领域,对于细胞系的使用是在普遍不过的。然而由于细胞系的质控在发展的过程中,并没有一开始得到重视。只是在往后的科学研究中,不断发现用同样的细胞系,做同样的实验,结果无法重现或者结果千差万别。细胞形态明明与胃来源相似,经鉴定确是肝细胞系。甚至发现明明是人的细胞,经鉴定却变成了小鼠或者大鼠细胞。如此这样的“张冠李戴”现象,在全世界不同实验室不断上演。
所幸国际细胞鉴定委员会(ICLAC)这样一个组织的成立,将为科研界使用的细胞系,带来验明真身的机会。我们可以看到国际上各大细胞库(包括ATCC,DSMZ,JCRB,ECACC,KCLB,CBA,COG等)已经对库里的细胞进行了一个叫做STR鉴定的工作,为存储的细胞获取了身份标签。并以此为依据,对这些细胞系的子代细胞进行溯源身份质控和交叉污染监控。于此同时,Scinece,Nature,cell等国际权威杂志及其子刊也呼吁并要求
欲发表的论文,需要对研究所涉及的细胞进行鉴定,以确保所用细胞没有问题。
3.2 使用正确的细胞系,让科研结果更真实,也让同行能够有机会互相验证结果。
3.3 为胞的身份溯源,找到了原始的依据(细胞的STR数据)。
然而即便如此,细胞的真实身份的鉴定问题,仍然面临不小的挑战。这需要科研界和相关领域同仁共同的努力。只有提高认识,并严肃认真对待。方能还我们使用的细胞一个公道。
STR是短串联重复序列,也叫微卫星序列。是由2-6个碱基n次重复形成的具有高度多态性的序列。广泛应用于法医领域的身份识别和亲权鉴定、遗传病的辅助诊断。
ICLAC(国际细胞鉴定委员会)于2012年成立,推荐STR检测用于人源细胞系的身份鉴定,并制定了相应的标准: Standardization of STR Profiling (ASN-0002-2011)。该委员会的成立,目的就是推动医学研究领域对细胞系的错误识别和交叉污染问题的深刻认识,并将细胞系的身份认证作为有效的方法来减少和防止细胞系的错误识别,交叉污染。
二、 细胞STR检测身份认证的背景
2.1 ICLAC统计并发布了截止2018.10.14日细胞错误识别的信息目录,共计529株细胞,其中486株细胞,已无法找到真实的原始样本;43株细胞原先被发现是错误识别的,现已经找到了原始的真实样本;60株细胞与原供体不一致,但污染物未知;54株细胞种属来源不一致;有149个污染物,最常见的是Hela,其次是T-24,M14。
(ICLAC已公布的细胞污染列表可联系hgene@126.com索取)
2.2 关于细胞系错误认证的参考文献
文章名称 | 发表杂志及时间 |
Cell-line authentication: End the scandal of false cell lines | Nature 492: 186,2012 |
Cell line misidentification: the beginning of the end | Nat Rev Cancer. 2010 Jun |
Check your cultures! A list of cross-contaminated or misidentified cell lines |
Int J Cancer, 21 April 2010 |
False and mycoplasma contaminated leukemia-lymphoma cell lines: time for a reappraisal |
Int J Cancer, 2017 |
Reproducibility: changing the policies and culture of cell line authentication |
Nature Methods ,2015.5.28 |
The ghosts of HeLa: How cell line misidentification contaminates the scientific literature |
PLoS One. 2017 Oct 12 |
DNA profiling analysis of endometrial and ovarian cell lines reveals misidentification, redundancy and contamination |
Gynecol Oncol. 2012 Oct |
Human cell line authentication: the critical first step in any project using human cell lines |
Methods Mol Biol. 2013 |
三、细胞STR鉴定的意义
3.1 为科研界的细胞验明正身,避免因"张冠李戴”而不自知造成的损失。
在所有医学研究领域,对于细胞系的使用是在普遍不过的。然而由于细胞系的质控在发展的过程中,并没有一开始得到重视。只是在往后的科学研究中,不断发现用同样的细胞系,做同样的实验,结果无法重现或者结果千差万别。细胞形态明明与胃来源相似,经鉴定确是肝细胞系。甚至发现明明是人的细胞,经鉴定却变成了小鼠或者大鼠细胞。如此这样的“张冠李戴”现象,在全世界不同实验室不断上演。
所幸国际细胞鉴定委员会(ICLAC)这样一个组织的成立,将为科研界使用的细胞系,带来验明真身的机会。我们可以看到国际上各大细胞库(包括ATCC,DSMZ,JCRB,ECACC,KCLB,CBA,COG等)已经对库里的细胞进行了一个叫做STR鉴定的工作,为存储的细胞获取了身份标签。并以此为依据,对这些细胞系的子代细胞进行溯源身份质控和交叉污染监控。于此同时,Scinece,Nature,cell等国际权威杂志及其子刊也呼吁并要求
欲发表的论文,需要对研究所涉及的细胞进行鉴定,以确保所用细胞没有问题。
3.2 使用正确的细胞系,让科研结果更真实,也让同行能够有机会互相验证结果。
3.3 为胞的身份溯源,找到了原始的依据(细胞的STR数据)。
然而即便如此,细胞的真实身份的鉴定问题,仍然面临不小的挑战。这需要科研界和相关领域同仁共同的努力。只有提高认识,并严肃认真对待。方能还我们使用的细胞一个公道。
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