细胞STR鉴定-及时发现您的细胞是否被交叉污染和错误辨识
点击量：发布时间：2020-04-27 21:42:30文章来源：未知
2011年美国国家标准学会专门颁布了一份细胞STR鉴定国家标准；2014 年12 月、2015 年2 月Science 杂志分别发表文章专题阐述细胞交叉污染和错误辨识严重性；2015 年4 月Nature通知：Nature 旗下杂志将从5 月开始要求作者鉴定论文中所用细胞系；2015年6月有报道称一科学家由于用错细胞系，撤销Nature论文。其实关于细胞污染问题不少机构、学者一直呼吁各个实验室及相关机构重视。
据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识[1-7]，因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗灾难性后果……，这浪费大量时间、精力和金钱。因此近年NIH、ATCC、Nature和Science等对此多次发出呼吁，要求研究者对细胞进行鉴定[4,5,7-11]，如2011年美国国家标准学会专门颁布了一份细胞STR鉴定国家标准[12]；2014年12月、2015年2月Science杂志分别发表文章专题阐述细胞交叉污染和错误辨识严重性[4,5]；2015年4月Nature通知：Nature旗下杂志将从5月开始要求作者鉴定论文中所用细胞系[10]；2015年6月有报道称一科学家由于用错细胞系，撤销Nature论文。STR（Short Tandem Repeat，短串联重复序列）基因分型已被ICLAC、ATCC等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定[11-13]，目前越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR分型数据。
STR基因位点由长度为3～7个碱基对的短串连重复序列组成[14]，这些重复序列广泛存在于人类基因组中，可作为高度多态性标记，被称为细胞的DNA指纹（如目前我们亲子鉴定即采用该技术），其可通过PCR（聚合酶链式反应）来检测。STR基因座位上的等位基因可通过扩增区域内重复序列的拷贝数的不同来区分，在毛细管电泳分离之后可通过荧光检测来识别，随后通过一定的计算方法[13,15]，即可根据所得的STR分型结果与专业的细胞STR数据库比对从而推算出样品所属的细胞系或可能的交叉污染的细胞系名称。
何时需做细胞STR鉴定？
1、发表文章或申请课题经费前；
2、使用细胞进行临床治疗（试验）前；
3、准备冻存保种或已冻存多年的细胞；
4、一个涉及到细胞试验项目开始/结束时；
5、新得到的细胞或实验室培养5代以上的细胞；
6、细胞系表现不稳定或结果与预期差别较大；
7、异体细胞移植后嵌合情况检查。
已开始要求细胞STR鉴定的期刊：
Nature;
BioTechniques;
Cancer Research;
Cancer Discovery;
Clinical Cancer Research;
Molecular Cancer Research;
Cancer Prevention Research;
International Journal of Cancer;
Molecular Cancer Therapeutics;
Cell Biochemistry and Biophysics;
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention;
In Vitro Cellular & Developmental Biology – Animal;
......
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专业化团队：积累了近10年的亲子鉴定的资质和资历，拥有干细胞生物学专业研发队伍，专业解读细胞STR数据；
专业的数据库对比：拥有自主建立的专业、全面的STR数据库（有近8000条人细胞系STR数据，囊括ATCC、DSMZ、JCRB和RIKEN细胞库人源细胞的STR数据，约含2000条干细胞系STR数据），首次实现人细胞来源鉴定及可能污染的细胞的辨识；
多基因检测、高灵敏度：可同时检测16、21或40个STR位点，仅需3ng DNA即可判断细胞类型及可能的细胞交叉污染；
常用的21个STR位点名称：
D5S818D13S317D7S820D16S539VWATH01TPOXAmelogenin （性别位点）CSF1POD3S1358Penta ED2S441D2S1338Penta DD10S1248D19S433D21S11D18S51D6S1043D8S1179D12S391FGA
专业的结题报告：出具正式结题报告书（含STR分型图谱及搜库鉴定结果）；
高准确度：符合最新ANSI/ATCC标准，测试结果99.99%与文献吻合；
标准检测与分析：ABI 3500XL基因分析仪和最新的GeneMapper V5.0数据处理软件；
高性价比：高竞争力的服务价格和完善的售后技术支持服务。
北京美德华生，细胞STR鉴定领航者！
美德华生细胞STR鉴定服务项目：
1、人源细胞STR分型检测；
2、人源细胞来源一致性检测；
3、人/鼠细胞交叉污染检测；
4、干细胞中小鼠源饲养层细胞污染检测；
5、干细胞中大鼠源饲养层细胞污染检测；
6、异体细胞移植后嵌合情况检查。
常见问题解答：
1、若我需要鉴定的细胞没有文献报道有STR数据，请问还能做STR鉴定吗？
答：尽管我司建立的STR数据库有目前最全的人源细胞系STR数据，但有些文献未报道STR数据的细胞系（国内自行建立的细胞系）在我们数据库中可能也没有其STR数据。不过，我们仍建议您进行细胞STR鉴定，因为通过该项检测，您可以：1、判断您培养的该细胞是否被其他细胞交叉污染及其可能被污染的细胞名称；2、您将是第一个得到该细胞系STR数据（DNA指纹）的人。
2、我的研究结果发不了《Nature》，请问还有必要做细胞STR鉴定吗？
答：只要您使用细胞从事相关研究工作，我们强烈建议对您的细胞进行鉴定，原因如下：1、目前不止《Nature》需要细胞鉴定结果，很多杂志也陆续要求投稿者提供细胞鉴定数据；2、退一万步说，即使我们使用细胞的目的不是用来发表文章，如因为我们使用了“错误”的细胞或者被其他细胞污染的细胞，而导致得出不可靠的实验结论，那多年的辛苦岂不白费、可惜？如2014年炒得沸沸扬扬的日本美女科学家小保方晴子的STAP细胞闹剧，后来证实是污染了胚胎干细胞。
3、请问贵司可以进行人干细胞系鉴定吗？
答：可以。目前我司的细胞系STR数据库包含2000来株人胚胎干细胞、hiPSCs、间充质干细胞系STR数据，首次实现了人干细胞系的STR数据比对。
4、请问该如何送样测试？
答：为保证样品质量和STR鉴定效果，我们不建议客户直接送检自己提取好的基因组DNA。推荐客户直接寄送细胞沉淀，方法：用PBS将细胞洗2遍后，收集细胞于一干净无菌离心管中，离心、去上清，即得细胞沉淀（细胞数≥1000,000 个，细胞沉淀应至少肉眼明显可见），用封口膜封好离心管管口以防止样品泄漏及其他细胞污染。样品随冰袋寄送到我司即可。
5、请问贵司的项目周期为多长？
答：1～48个样品，在确认收到样品及相应款项后2～5个工作日内完成鉴定；49～96个样品，在收到样品及相应款项后3～7个工作日内完成鉴定工作。
延伸阅读：
1、从2015年5月起，Nature将审查投稿者论文中所用的细胞系[10]
2、一科学家由于用错细胞系 撤销Nature论文
3、Science：实验室细胞污染影响科学进步[5]
4、文章想投《Nature》？先给细胞验明正身[7]
5、细胞系错误鉴定：终结的开始[11]
6、为什么要做细胞STR鉴定
7、Nature：争议性STAP论文盖棺定论
参考文献：
1. Reid, Y.A., Characterization and authentication of cancer cell lines: an overview. Methods Mol Biol, 2011. 731: p. 35-43.
2. Capes-Davis, A., et al., Check your cultures! A list of cross-contaminated or misidentified cell lines. Int J Cancer, 2010. 127(1): p. 1-8.
3. Chatterjee, R., Cell biology. Cases of mistaken identity. Science, 2007. 315(5814): p. 928-31.
4. Lorsch, J.R., F.S. Collins, and J. Lippincott-Schwartz, Cell Biology. Fixing problems with cell lines. Science, 2014. 346(6216): p. 1452-3.
5. Neimark, J., Line of attack. Science, 2015. 347(6225): p. 938-40.
6. Zhao, M., et al., Assembly and initial characterization of a panel of 85 genomically validated cell lines from diverse head and neck tumor sites. Clin Cancer Res, 2011. 17(23): p. 7248-64.
7. Editorial, It is time for all involved to tackle the chronic scandal of cell-line contamination. Funders first. Nature, 2009. 457: p. 935-936.
8. Masters, J.R., Cell-line authentication: End the scandal of false cell lines. Nature, 2012. 492(7428): p. 186.
9. McLaren, R.S., Y. Reid, and D.R. Storts, Human cell line authentication: the critical first step in any project using human cell lines. Methods Mol Biol, 2013.963: p. 341-53.
10. Announcement: Time to tackle cells’ mistaken identity. Nature, 2015. 520(7547): p. 264-264.
11. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup, A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6): p. 441-8.
12. ANSI/ATCC, Authentication of Human Cell Lines: Standardization of STR Profiling. 2011, ASN-0002-2011.
13. Masters, J.R., et al., Short tandem repeat profiling provides an international reference standard for human cell lines. Proc Natl Acad Sci U S A, 2001.98(14): p. 8012-7.
14. Edwards, A., et al., DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats. Am J Hum Genet, 1991. 49(4): p. 746-56.
15. Sorensen, T., A Method of Establishing Groups of Equal Amplitude in Plant Sociology Based on Similarity of Species Content and Its Application to Analyses of the Vegetation on Danish commons. Biol Skr, 1948. 5: p. 1-34.
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据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识[1-7]，因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗灾难性后果……，这浪费大量时间、精力和金钱。因此近年NIH、ATCC、Nature和Science等对此多次发出呼吁，要求研究者对细胞进行鉴定[4,5,7-11]，如2011年美国国家标准学会专门颁布了一份细胞STR鉴定国家标准[12]；2014年12月、2015年2月Science杂志分别发表文章专题阐述细胞交叉污染和错误辨识严重性[4,5]；2015年4月Nature通知：Nature旗下杂志将从5月开始要求作者鉴定论文中所用细胞系[10]；2015年6月有报道称一科学家由于用错细胞系，撤销Nature论文。STR（Short Tandem Repeat，短串联重复序列）基因分型已被ICLAC、ATCC等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定[11-13]，目前越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR分型数据。
STR基因位点由长度为3～7个碱基对的短串连重复序列组成[14]，这些重复序列广泛存在于人类基因组中，可作为高度多态性标记，被称为细胞的DNA指纹（如目前我们亲子鉴定即采用该技术），其可通过PCR（聚合酶链式反应）来检测。STR基因座位上的等位基因可通过扩增区域内重复序列的拷贝数的不同来区分，在毛细管电泳分离之后可通过荧光检测来识别，随后通过一定的计算方法[13,15]，即可根据所得的STR分型结果与专业的细胞STR数据库比对从而推算出样品所属的细胞系或可能的交叉污染的细胞系名称。
何时需做细胞STR鉴定？
1、发表文章或申请课题经费前；
2、使用细胞进行临床治疗（试验）前；
3、准备冻存保种或已冻存多年的细胞；
4、一个涉及到细胞试验项目开始/结束时；
5、新得到的细胞或实验室培养5代以上的细胞；
6、细胞系表现不稳定或结果与预期差别较大；
7、异体细胞移植后嵌合情况检查。
已开始要求细胞STR鉴定的期刊：
Nature;
BioTechniques;
Cancer Research;
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4、干细胞中小鼠源饲养层细胞污染检测；
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6、异体细胞移植后嵌合情况检查。
常见问题解答：
1、若我需要鉴定的细胞没有文献报道有STR数据，请问还能做STR鉴定吗？
答：尽管我司建立的STR数据库有目前最全的人源细胞系STR数据，但有些文献未报道STR数据的细胞系（国内自行建立的细胞系）在我们数据库中可能也没有其STR数据。不过，我们仍建议您进行细胞STR鉴定，因为通过该项检测，您可以：1、判断您培养的该细胞是否被其他细胞交叉污染及其可能被污染的细胞名称；2、您将是第一个得到该细胞系STR数据（DNA指纹）的人。
2、我的研究结果发不了《Nature》，请问还有必要做细胞STR鉴定吗？
答：只要您使用细胞从事相关研究工作，我们强烈建议对您的细胞进行鉴定，原因如下：1、目前不止《Nature》需要细胞鉴定结果，很多杂志也陆续要求投稿者提供细胞鉴定数据；2、退一万步说，即使我们使用细胞的目的不是用来发表文章，如因为我们使用了“错误”的细胞或者被其他细胞污染的细胞，而导致得出不可靠的实验结论，那多年的辛苦岂不白费、可惜？如2014年炒得沸沸扬扬的日本美女科学家小保方晴子的STAP细胞闹剧，后来证实是污染了胚胎干细胞。
3、请问贵司可以进行人干细胞系鉴定吗？
答：可以。目前我司的细胞系STR数据库包含2000来株人胚胎干细胞、hiPSCs、间充质干细胞系STR数据，首次实现了人干细胞系的STR数据比对。
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延伸阅读：
1、从2015年5月起，Nature将审查投稿者论文中所用的细胞系[10]
2、一科学家由于用错细胞系 撤销Nature论文
3、Science：实验室细胞污染影响科学进步[5]
4、文章想投《Nature》？先给细胞验明正身[7]
5、细胞系错误鉴定：终结的开始[11]
6、为什么要做细胞STR鉴定
7、Nature：争议性STAP论文盖棺定论
参考文献：
1. Reid, Y.A., Characterization and authentication of cancer cell lines: an overview. Methods Mol Biol, 2011. 731: p. 35-43.
2. Capes-Davis, A., et al., Check your cultures! A list of cross-contaminated or misidentified cell lines. Int J Cancer, 2010. 127(1): p. 1-8.
3. Chatterjee, R., Cell biology. Cases of mistaken identity. Science, 2007. 315(5814): p. 928-31.
4. Lorsch, J.R., F.S. Collins, and J. Lippincott-Schwartz, Cell Biology. Fixing problems with cell lines. Science, 2014. 346(6216): p. 1452-3.
5. Neimark, J., Line of attack. Science, 2015. 347(6225): p. 938-40.
6. Zhao, M., et al., Assembly and initial characterization of a panel of 85 genomically validated cell lines from diverse head and neck tumor sites. Clin Cancer Res, 2011. 17(23): p. 7248-64.
7. Editorial, It is time for all involved to tackle the chronic scandal of cell-line contamination. Funders first. Nature, 2009. 457: p. 935-936.
8. Masters, J.R., Cell-line authentication: End the scandal of false cell lines. Nature, 2012. 492(7428): p. 186.
9. McLaren, R.S., Y. Reid, and D.R. Storts, Human cell line authentication: the critical first step in any project using human cell lines. Methods Mol Biol, 2013.963: p. 341-53.
10. Announcement: Time to tackle cells’ mistaken identity. Nature, 2015. 520(7547): p. 264-264.
11. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup, A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6): p. 441-8.
12. ANSI/ATCC, Authentication of Human Cell Lines: Standardization of STR Profiling. 2011, ASN-0002-2011.
13. Masters, J.R., et al., Short tandem repeat profiling provides an international reference standard for human cell lines. Proc Natl Acad Sci U S A, 2001.98(14): p. 8012-7.
14. Edwards, A., et al., DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats. Am J Hum Genet, 1991. 49(4): p. 746-56.
15. Sorensen, T., A Method of Establishing Groups of Equal Amplitude in Plant Sociology Based on Similarity of Species Content and Its Application to Analyses of the Vegetation on Danish commons. Biol Skr, 1948. 5: p. 1-34.
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